Metan là một phân tử tứ diện có bốn liên kết C-H tương đương. Cấu trúc điện tử của nó được mô tả bởi bốn quỹ đạo phân tử liên kết (molecular orbital) do sự chồng chéo của các quỹ đạo hóa trị trên C và H. MO năng lượng thấp nhất là kết quả của sự chồng lấp của quỹ đạo 2s trên carbon với sự kết hợp cùng pha của quỹ đạo 1s trên bốn nguyên tử hydro. Trên mức năng lượng này là một tập hợp các MO suy biến ba lần liên quan đến sự chồng chéo của các quỹ đạo 2p trên carbon với các tổ hợp tuyến tính khác nhau của các quỹ đạo 1s trên hydro. Sơ đồ liên kết "ba trên một" kết quả phù hợp với phép đo phổ quang điện tử.

Ở nhiệt độ phòng và áp suất tiêu chuẩn, metan là một loại khí không màu, không mùi.[4] Mùi khí tự nhiên quen thuộc được sử dụng trong nhà đạt được bằng cách thêm chất tạo mùi, thường là hỗn hợp có chứa tert-butylthiol, như một biện pháp an toàn. Khí mêtan có nhiệt độ sôi −164°C (−257,8°F) ở áp suất của một bầu khí quyển.[5] Là một chất khí, nó dễ cháy trong một phạm vi nồng độ (5,4-17%) trong không khí ở áp suất tiêu chuẩn.

Mêtan rắn tồn tại trong một số đa hình. Hiện tại chín thù hình của chất này được biết đến.[6] Làm lạnh metan ở áp suất bình thường dẫn đến sự hình thành mêtan I. Chất này kết tinh trong hệ thống khối (nhóm không gian Fm 3 m). Vị trí của các nguyên tử hydro không cố định trong metan I, tức là các phân tử metan có thể xoay tự do. Do đó, nó là một tinh thể nhựa.[7]